Διερεύνηση του ρόλου του γονιδίου SLC11A1 στην ανοσοποιητική απόκριση αιγών στη λοίμωξη από το βακτήριο Mycobacterium avium υποείδος paratuberculosis

Abstract

Η δράση της πρωτεΐνης SLC11A1 έχει συνδεθεί με την ανοσοποιητική απόκριση του οργανισμού σε μολύνσεις από ενδοκυττάρια παράσιτα. Μελέτες συνδέουν την παρουσία μικροδορυφορικών πολυμορφικών περιοχών με διαφόρου αριθμού επαναλήψεις γουανίνης/θυμίνης στην 3΄ μη μεταφραζόμενη περιοχή του γονιδίου, με ανθεκτικότητα ή ευαισθησία σε ενδοκυττάριες λοιμώξεις. Σκοπός της παρούσας μελέτης είναι να διερευνηθεί ο ρόλος αυτών των πολυμορφισμών στη διαμόρφωση της ανοσοποιητικής απόκρισης των αιγών στη λοίμωξη από το βακτήριο Mycobacterium avium υποείδος paratuberculosis (MAP). Αρχικά μελετήθηκε η έκφραση του γονιδίου SLC11A1 σε επίπεδο mRNA και πρωτεΐνης ύστερα από μόλυνση με MAP και κατά πόσο αυτή συνδέεται με κάποιον από τους πολυμορφισμούς της 3΄ UTR του συγκεκριμένου γονιδίου. Έπειτα έγινε διερεύνηση της ανοσοποιητικής απόκρισης των μακροφάγων ύστερα από μόλυνση με MAP, μέσω της μελέτης έκφρασης του γονιδίου της ιντερλευκίνης 1α (IL-1α) και ιντερλευκίνης 10 (IL-10). Επιπλέον, έγινε διερεύνηση της λειτουργικής επίδρασης των πολυμορφικών περιοχών στην έκφραση του γονιδίου SLC11A1 με την κατασκευή πλασμιδίων που έφεραν τις δύο πολυμορφικές περιοχές σε συνδυασμό. Ακολούθησε στατιστική ανάλυση και in silico μελέτη πρόβλεψης προτύπων των οποίων η δράση επηρεάζεται σε μεταμεταγραφικό επίπεδο από τον πολυμορφισμό στην 3΄ UTR του γονιδίου. Καταγράφεται ισχυρή συσχέτιση του γονοτύπου B7/B7 με αυξημένο επίπεδο mRNA του γονιδίου SLC11A1 μετά τη διέγερση με MAP, σε μονοκύτταρα αιγών σε σύγκριση με τους δύο άλλους γονότυπους που φέρουν το αλλήλιο Β8. Η αύξηση της συγκέντρωσης του mRNA φαίνεται ότι ακολουθείται από αυξημένη έκφραση της πρωτεΐνης SLC11A1 μετά τη διέγερση με MAP, σε σχέση με τον ετερόζυγο γονότυπο. Αυτή η διαφοράς της έκφρασης μεταξύ γονοτύπων Β7/7 και Β7/8, Β8/8 ισχύει σε επίπεδο mRNA για το γονίδιο IL-1α. Σε αντίθεση με τα αποτελέσματα του πρώτου μέρους, ότι το πλασμίδιο Β (GT16-GT8) που εκδήλωσε την ισχυρότερη ενζυμική ενεργότητα παρουσιάζει τη μεγαλύτερη διακυμάνση ύστερα από τη διέγερση. Επίσης, μπορούμε να σημειώσουμε ότι τις μεγαλύτερες διαφορές με τους περισσότερους διεγέρτες φαίνεται να τις έχουν τα πλασμίδια Β (GT16-GT8) με C (GT15-GT7). Από τα παραπάνω πειράματα προκύπτει ότι η περιοχή Α από μόνη της ιδίως με τον πολυμορφισμό GT16, αλλά και σε συνδυασμό ειδικά με τον πολυμορφισμό GT8 της περιοχής Β, αποτελεί ισχυρό ενισχυτή μεταγραφής. Από την in silico μελέτη πρόβλεψης στοιχείων βρέθηκαν πέντε σημεία πρόσδεσης ρυθμιστικών μεταγραφικών στοιχείων και 85 miRNAs τα οποία μπορούν δυνητικά να ρυθμίσουν τη σταθερότητα των μεταγράφων του γονιδίου αυτού. Συμπερασματικά, από το αποτέλεσμα της παρούσας μελέτης αποδεικνύεται ότι οι πολυμορφισμοί της 3΄UTR του γονιδίου SLC11A1 είναι λειτουργικοί. Μάλιστα η επίδρασή τους μεμονωμένα υποδηλώνει έντονη διέγερση από τον πολυμορφισμό GT16 της περιοχής Α ιδίως σε συνδυασμό με τον πολυμορφισμό GT8 της Β. Σε μεταγραφικό και μεταφραστικό επίπεδο η επίδραση που έχουν οι συγκεκριμένοι πολυμορφισμοί φαίνεται να διαφοροποιούνται αναδεικνύοντας πολύ ισχυρή διεγερτική επίδραση για τον πολυμορφισμό GT7 της περιοχής Β σε ομόζυγη κατάσταση.

The activity of SLC11A1 protein has been associated with the immune response to infection by intracellular parasites. More specifically, studies link the presence of polymorphic microsatellite regions [(GT)n] in the 3΄ untranslated region (3΄ UTR) of the gene, with resistance or susceptibility to intracellular infections. The purpose of this study was to investigate the role of these polymorphisms in shaping the immune response of goats to Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP) infection. Initially, we studied the expression of the SLC11A1 gene at mRNA and protein level following infection by MAP and investigated whether this change is associated with one of the 3΄ UTR polymorphisms of the specific gene. Then we assessed the immune response of macrophages following infection with MAP, through studying the expression of mRNA of interleukin 1α (IL-1α) and interleukin 10 (IL-10). Furthermore, we investigated the functional role of polymorphic regions of 3΄ UTR of SLC11A1 gene using constructed plasmids containing the two polymorphic regions. Μacrophage cell line stimulated with MAP, PPD, IFN-gamma, LPS separately and in combination. In silico analysis was also performed to predict motifs that their action may be affected in post-transcriptional level by polymorphisms in the 3΄ UTR of the SLC11A1 gene. Strong association was recorded for the genotype B7/B7 with elevated level of mRNA of SLC11A1 gene after stimulation with MAP, compared to goat monocytes with the other two genotypes bearing B8 allele. These increased expression levels of the gene appears to be followed by increased expression of SLC11A1 protein after stimulation with MAP, compared to the heterozygous genotype. The difference of expression between genotypes B7/7 and B7/8, B8/8 continues further by increased mRNA concentration of IL-1a gene. At this part of study, plasmid B (GT16-GT8) was found to generate the strongest enzyme activity. Furthermore the biggest difference in luciferase activity after stimulation was recorded for plasmids B compared to C (GT15-GT7). The above experiments show that the A area alone, especially containing GT16 polymorphisms, and in combination with specific polymorphisms GT8 in the B area, may be a potent transcriptional enhancer. In the last part of this study we predicted five sites of transcriptional regulatory elements and we detected 85 miRNAs that can potentially modulate the stability of transcripts of this gene. It can be concluded that the results of this study demonstrated that polymorphisms of 3΄UTR of the SLC11A1 gene are functional. Indeed their effect individually indicates strong stimulation of GT16 polymorphism of area A combined with a particular polymorphism of GT8 at B area. In transcriptional and translational level the effect of such specific polymorphisms in reference standard used, appears to differ highlighting very strong stimulating effect on the polymorphism GT7 of area B in homozygous condition.