Μικροχλωρίδα ελληνικών ποικιλιών επιτραπέζιας ελιάς και το αντιμικροβιακό δυναμικό της

Abstract

Οι επιτραπέζιες ελιές θεωρούνται από τα πιο σημαντικά και διαδεδομένα παραδοσιακά λαχανικά που έχουν υποστεί ζύμωση στον δυτικό κόσμο και κυρίως στις χώρες της Νότιας Ευρώπης. Τα οξυγαλακτικά βακτήρια και οι ζύμες παίζουν σημαντικό ρόλο στη διαδικασία της ζύμωσης των επιτραπέζιων ελιών. Τα οξυγαλακτικά βακτήρια, όπως στελέχη του γένους Lactobacillus, Streptococcus, Pediococcus και Leuconostoc, είναι η πιο σημαντική ομάδα των βακτηρίων στις ελιές, ενώ οι ζυμομύκητες επηρεάζουν τη διαδικασία της ζύμωσης είτε θετικά είτε αρνητικά, ανάλογα με το είδος. Στην παρούσα μελέτη, τρεις διαφορετικές Ελληνικές ποικιλίες επιτραπέζιων ελιών, Καλαμών, Κονσερβολιά και Άμφισσα μελετήθηκαν χρησιμοποιώντας τόσο τη συμβατική μικροβιολογική ανάλυση, καθώς και την προσέγγιση της μεταγονιδιωματικής. Χρησιμοποιώντας επιλεκτικά μέσα ανάπτυξης και συνθήκες, η κλασική μικροβιολογική ανάλυση αποκάλυψε ότι οι μεσόφιλοι ράβδοι, οι μεσόφιλοι κόκκοι και οι ζύμες ήταν οι κυρίαρχες μικροβιολογικές ομάδες. Συνολικά απομονώθηκαν 42 οξυγαλακτικά βακτήρια και 71 ζύμες. Αυτά ομαδοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας την τεχνική προσδιορισμού του γονότυπου των επαναλαμβανόμενων αλληλουχιών (rep-PCR). Αντιπροσωπευτικές απομονώσεις από κάθε ομάδα προσδιορίστηκαν σε επίπεδο είδους μέσω της αλληλουχίας 16S rDNA γονιδίου (βακτήρια) και της περιοχής ITS (ζύμες). Για τη μεταγονιδιωματική ανάλυση ένα πρωτόκολλο που αναπτύχθηκε στο Εργαστήριο Γαλακτοκομίας εφαρμόστηκε και τα δείγματα DNA αναλύθηκαν Αυτή είναι η πρώτη έκθεση σχετικά με την μεταγονιδιωματική ανάλυση της μικροβιακής ποικιλότητας των Ελληνικών επιτραπέζιων ελιών.

Table olives are considered to be among the most significant and widespread traditional fermented vegetables in Western world and mostly in Southern European countries. Lactic acid bacteria (LAB) and yeast populations play an important role in the table olive fermentation process. LAB genera, such as Lactobacillus, Streptococcus, Pediococcus and Leuconostoc, are the most important group of bacteria in olives, while yeasts influence the fermentation process either positively or negatively, depending on the species. In the present study, three different naturally fermented Greek table olive cultivars, namely Kalamata, Conservolea and Amfissa were studied using both the conventional microbiological analysis as well as the metagenomics approach. Using selective growth media and conditions, the classical microbiological analysis revealed that mesophillic rods, mesophillic cocci and yeasts were the dominant microbiolgical groups. A total of 42 LAB and 71 yeasts isolates have been selected. These were grouped using the genotyping technique of repetitive element sequence-based polymerase chain reaction (rep-PCR). Representative isolates of each group were identified at the species level through 16S rDNA gene sequencing (bacteria) and ITS region sequencing (yeasts). For the metagenomics analysis, a protocol developed in our laboratory has been applied and the DNA samples have been analyzed. This is the first report on the metagenomic analysis of the microbial diversity of Greek table olives.