Μικροχλωρίδα της Ελληνικής παραδοσιακής Φέτας και το αντιμικροβιακό της δυναμικό

Abstract

Η Φέτα είναι η ναυαρχίδα των Ελληνικών τυριών ΠΟΠ. Είναι ένα μαλακό λευκό τυρί που ωριμάζει σε άλμη. Παρασκευάζεται σε όλη την Ελλάδα με συγκεκριμένη τεχνολογία από πρόβειο ή μίγμα πρόβειου και αίγειου γάλακτος, με το ποσοστό του δεύτερου να μην ξεπερνά το 30%. Στην παρούσα μελέτη, μελετήθηκε η συνολική μικροχλωρίδα δύο παραδοσιακών τυριών Φέτας, που παρασκευάστηκαν χωρίς την προσθήκη εναρκτήριων καλλιεργειών, από τις περιοχές του Αγρινίου και της Κορίνθου, με κλασσικές μικροβιολογικές αλλά και σύγχρονες μοριακές μεθόδους. Αξίζει να σημειωθεί πως πρόκειται για την πρώτη μεταγονιδιωματική ανάλυση σε τυρί Φέτα. Χρησιμοποιώντας επιλεκτικά μέσα ανάπτυξης, η κλασική μικροβιολογική ανάλυση αποκάλυψε ότι οι κυρίαρχες μικροβιολογικές ομάδες ήταν οι μεσόφιλοι και θερμόφιλοι κόκκοι, οι θερμόφιλοι βάκιλλοι και οι ζύμες. Συνολικά απομονώθηκαν 103 βακτηρία και 5 ζύμες. Τα βακτήρια ομαδοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας την τεχνική της rep-PCR και 19 αντιπροσωπευτικές απομονώσεις προσδιορίστηκαν σε επίπεδο είδους με ενίσχυση της αλληλουχίας του γονιδίου 16S rDNA. Από την ταυτοποίηση προέκυψε πως όλες οι απομονώσεις άνηκαν στο γένος Lactobacillus spp., δείχνοντας έτσι τον περιορισμό της επιλεκτικότητας των μέσων που χρησιμοποιούνται. Για τη μεταγονιδιωματική ανάλυση εφαρμόστηκε πρωτόκολλο που αναπτύχθηκε στο Εργαστήριο Γαλακτοκομίας και η ανάλυση των δεδομένων της μεταγονιδιωματικής έγινε με το διακομιστή MG-RAST. Ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα αποτελέσματα της μεταγονιδιωματικης ανάλυσης, η οποία έδειξε ότι η μικροχλωρίδα της Φέτας αποτελέιται από πληθώρα ειδών, με τον Lactococcus lactis να κυριαρχεί. Τέλος, μέλετηθηκε η αντιμικροβιακή δράση 50 στελεχών οξυγαλακτικών βακτηρίων που απομονώθηκαν από τα δύο τυριά. Aπό τα εξεταζόμενα παραγωγά στελέχη, το στέλεχος Lactobacillus casei ATC2a παρουσίασε ανάσχεση της ανάπτυξης του στελέχους Streptococcus pneumoniae LMG 14545T, ο οποίος είναι η κύρια αιτία της πνευμονίας.

Feta cheese is the flagship of the Greek PDO cheeses. It is a soft brined cheese manufactured throughout Greece from sheep milk or mixtures of sheep and goat milk up to 30%. In the present study, two traditionally produced Feta cheese samples, without the addition of starter cultures, from the regions of Agrinio and Korinthos, were studied. Towards this, both the conventional microbiological analysis as well as the metagenomics approach were implemented. Using selective growth media and conditions, the classical microbiological analysis revealed that mesophillic and thermophillic cocci, thermophillic rods and yeasts were the dominant microbiological groups. A total of 103 bacteria and 5 yeast isolates were selected for further analysis. These bacterial isolates were grouped using the genotyping technique of repetitive element sequence-based polymerase chain reaction (rep-PCR) and 19 representative bacterial isolates were identified at the species level through 16S rDNA gene sequencing (bacteria). Τhe identification revealed that all isolates belonged to the genus Lactobacillus spp., showing that these media favored the growth of Lactobacilli and the limitation of classical microbiological approach due to the nonselective media used. For the metagenomics analysis, a protocol developed in our laboratory has been applied and the DNA samples and analyzed on the MG-RAST server. This is the first report on the metagenomic analysis of the microbial diversity of traditional Feta cheese. The results of metagenomic analysis, showed that the microflora of Feta consists of a variety of species, with the species Lactococcus Lactis being the dominate one. Finally, we examined the antimicrobial potential of 50 strains of lactic acid bacteria isolated from both cheeses. The strain of Lactobacillus casei ATC2a presented antimicrobial activity of Streptococcus pneumoniae LMG 14545T, the bacteria which is the major cause of pneumonia.