Ανάλυση της ενδομεταγραφόμενης περιοχής (ITS) του πυρηνικού ριβοσωμικού DNA (nrDNA) και του χλωροπλαστικού DNA (psbA-trnH) σε ποικιλίες συκιάς του Ficus carica

Abstract

Στην παρούσα διατριβή, προσδιορίστηκαν και αναλύθηκαν οι ακολουθίες της ενδομεταγραφόμενης περιοχής (ITS) του πυρηνικού ριβοσωμικού DNA και της διαγονιδιακής περιοχής psbA-trnH του χλωροπλαστικού DNA από 20 ελληνικές ποικιλίες F. carica. Η περιοχή ITS καθώς και η περιοχή psbA-trnH ενισχύθηκαν με την τεχνική της PCR χρησιμοποιώντας καθολικούς εκκινητές και στην συνέχεια τα προϊόντα της αντίδρασης PCR κλωνοποιήθηκαν και αλληλουχήθηκαν. Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι υπήρξε σημαντική απόκλιση στις νουκλεοτιδικές αλληλουχίες των περιοχών ITS2 και ITS1 μεταξύ των ποικιλιών καθώς και εντός της ποικιλίας. Η ανάλυση της πρωτοταγούς και δευτεροταγούς δομής της περιοχής ITS2 έδειξε ότι αυτοί οι πολυμορφισμοί της τάξης του ενός ή δυο νουκλεοτιδίων δεν επηρέασαν σημαντικά τη δευτεροταγή δομή του ITS2. Ωστόσο, η παρουσία μιας έλλειψης σε ορισμένα ITS2 επηρέασε σημαντικά την έλικα ΙV. Οι πολυμορφισμοί της τάξης του ενός νουκλεοτιδίου μεταξύ των ποικιλιών δεν επηρέασαν την δευτεροταγή δομή του ITS1. Επίσης, προσδιορίστηκε και αναλύθηκε η αλληλουχία της περιοχής psbA-trnH αρκετών ποικιλιών F. carica. Τα δεδομένα έδειξαν ότι η ανάλυση της περιοχής ITS1, ITS2 και psbA-trnH επιτρέπει την διάκριση των ποικιλιών.

In our study the ITS and psbA-trnH sequences from 20 Greek F. carica cultivars were analyzed. The ITS (ITS1, 5.8S και ITS2) region of the nuclear genome and the psbA-trnH from the chloroplast was amplified from these samples using universal primers and reaction conditions. The resulting PCR products were cloned and subsequently sequenced. There was significant nucleotide sequences divergence between the intra-individual and intra-cultivar ITS2 and ITS1 regions. Analyses of sequence and secondary structure of ITS2 region demonstrated that these divergences in nucleotide sequences, did not significantly affected the secondary structure of ITS2 region. The presence of the indel affected significantly Helix IV. The single nucleotide polymorphisms found among the cultivars did not affected the secondary structure of ITS1. The psbA-trnH region of several F. carica cultivars was also analyzed. The data demonstrated that ITS1, ITS2 and psbA-trnH improves significantly cultivars discrimination.