Ανάλυση της ενδομεταγραφόμενης περιοχής (ITS) του πυρηνικού ριβοσωμικού (nrDNA) και του χλωροπλαστικού DNA (psbA-trnH) σε είδη του γένους Salvia

Abstract

Στη μελέτη μας, συλλέχθηκαν 15 δείγματα από διαφορετικές γεωγραφικές περιοχές. Αυτά τα δείγματα αντιπροσωπεύονται από 15 διαφορετικά είδη του γένους Salvia. Η περιοχή ITS του πυρηνικού γονιδιώματος καθώς και η περιοχή psbA-trnH από το χλωροπλαστικό γονιδίωμα, ενισχύθηκαν με την τεχνική της PCR χρησιμοποιώντας καθολικούς εκκινητές και στην συνέχεια τα προϊόντα της αντίδρασης PCR κλωνοποιήθηκαν και αλληλουχήθηκαν. Η διερεύνηση της βάσης δεδομένων (NCBI) έδειξε ότι τόσο οι ITS αλληλουχίες όσο και οι psbA-trnH αλληλουχίες παρουσιάζουν σημαντική ομολογία αλληλουχιών (>93%) μόνο με είδη του γένους Salvia. Φυλογενετική ανάλυση με βάση της περιοχή ITS2 ή την ITS1 έδειξε ότι υπήρχε σημαντική γενετική απόκλιση μεταξύ στα διάφορα είδη του γένους Salvia. Επιπλέον, αναλύθηκε η δευτεροταγής δομή των περιοχών ITS1 και ITS2. Τα αποτελέσματα έδειξαν οτι η συναινετική δευτεροταγής δομή των περιοχών ITS1 και ITS2 παρείχε σημαντικες πληροφορίες στην διάκριση των ειδών του γένους Salvia. Aναλύθηκε επίσης η περιοχή psbA-trnH διαφόρων ειδών Salvia. Τα δεδομένα έδειξαν ότι η διαγονιδιακή περιοχή psbA-trnH σε συνεργασία με άλλους μοριακούς δείκτες του γραμμωτού κώδικα DNA μπορεί να προσθέσει κάποιες πληροφορίες και να βελτιώσει την διάκριση των ειδών.

In our study, 15 samples were collected from different geographical regions; these samples represented 15 species and contained different species of the genu s Salvia . The ITS (ITS1, 5.8S θαη ITS2) and the psbA - trnaH region from the nuclear and the chloroplast genome respectivelly was amplified from these samples using universal primers and reaction conditions , cloned and subsequently sequenced . BLASTN analysis demonstrated that ITS2 or the ITS1 showed high homology ( > 9 3 %) only with Salvia species. Phylogenetic analysis based on ITS1 or ITS2 demonstrated that t here was significant genetic divergen ce among the examined Salvia species . In addition, the secondary structure of ITS2 and ITS1 was analyzed. The consensus secondary structure of ITS1 and ITS2 regions provided the means to recognize clear differences among the Salvia species. The psbA - t rnH region of several Salvia species was also analyzed. The data demonstrated that incorporating psbA - trnH intragenomic region to the core DNA barcodes may improve may add some information in species discrimination.