Ανάλυση του εναλλακτικού ματίσματος από δεδομένα RNA-seq στο μετάλλαγμα lefkothea του φυτού Arabidopsis

DSpace/Manakin Repository

Show simple item record

dc.contributor.advisor Χατζόπουλος, Πολυδεύκης
dc.contributor.author Μπαλτζής, Αθανάσιος
dc.date.accessioned 2018-06-07T07:21:28Z
dc.date.available 2018-06-07T07:21:28Z
dc.date.issued 2018-06-07
dc.date.submitted 2018
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10329/6735
dc.description Η Βιβλιοθήκη δεν διαθέτει αντίτυπο της διατριβής σε έντυπη μορφή el
dc.description.abstract Η LEFKOTHEA είναι μία πρωτεΐνη απαραίτητη για την ομαλή ανάπτυξη του εμβρύου του φυτού Arabidopsis thaliana, καθώς τοποθετείται στο χλωροπλάστη και στον πυρήνα συμμετέχοντας σε δύο μηχανισμούς ματίσματος: των ιντρονίων τύπου II των χλωροπλαστικών γονιδίων και των μεταγράφων πυρηνικών γονιδίων που σχετίζονται με χλωροπλαστικές λειτουργίες. Στην παρούσα εργασία επιχειρήθηκε η αποκάλυψη επιπλέον πληροφοριών για το ρόλο της LEFKOTHEA μέσα από τον in silico εντοπισμό γεγονότων εναλλακτικού ματίσματος από δεδομένα αλληλούχισης RNA σε στελέχη που φέρουν τη θνησιγόνο μετάλλαξη lefko1 και σε στελέχη αγρίου τύπου. Συνολικά χρησιμοποιήθηκαν 5 λογισμικά εντοπισμού γεγονότων εναλλακτικού ματίσματος. Στα δεδομένα που προέκυψαν πραγματοποιήθηκε ανάλυση εμπλουτισμού γονιδίων και σύγκριση των προβλεπόμενων αλληλουχιών στις θέσεις ματίσματος. Τα αποτελέσματα για τα εξαρτώμενα από τη LEFKOTHEA γονίδια οδήγησαν στην εξαγωγή χρήσιμων συμπερασμάτων σχετικά με τις κυτταρικές λειτουργίες που ρυθμίζονται από την πρωτεΐνη. el
dc.description.abstract LEFKOTHEA is an essential protein for embryo development of Arabidopsis thaliana plants, as it is localized both in chloroplast and nucleus participating in a splicing mechanism of type II introns in chloroplast encoded genes and in a splicing mechanism of transcripts of nuclear encoded genes related to chloroplast functions. In this study, we have attempted to reveal additional information about the role of LEFKOTHEA via in silico detection of alternative splicing events from RNA-seq data in lefko1 lethal mutant and in wild-type plants. Overall, 5 alternative splicing events detection programs have been used. Gene enrichment analysis and comparison between the predicted splice site sequences have been carried out in the produced data. The results for LEFKO-dependent genes have provided useful conclusions about cellular functions regulated by LEFKOTHEA. el
dc.language.iso el el
dc.subject Lefkothea el
dc.subject Εναλλακτικό μάτισμα el
dc.subject Αλληλούχιση RNA el
dc.subject Ιn silico ανάλυση el
dc.subject Alternative splicing el
dc.subject RNA-seq el
dc.subject In silico analysis el
dc.subject.lcsh lc el
dc.title Ανάλυση του εναλλακτικού ματίσματος από δεδομένα RNA-seq στο μετάλλαγμα lefkothea του φυτού Arabidopsis el
dc.type Μεταπτυχιακή εργασία el
dc.contributor.department ΓΠΑ Τμήμα Βιοτεχνολογίας el
dc.description.degree Βιολογία Συστημάτων el

Files in this item

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search DSpace

Advanced Search


My Account