Ανάλυση της ενδομεταγραφόμενης περιοχής του πυρηνικού ριβοσωμικού (nrDNA) σε είδη του γένους Cynodon

Abstract

Το γένος Cynodon (Οικογενεια Poaceae) περιέχει 9 είδη και 10 ποικιλίες με το Cynodon dactylon να αποτελεί το είδος με το μεγαλύτερο βαθμό εξάπλωσης. Στην παρούσα μελέτη οι ακολουθίες της ενδομεταγραφόμενης περιοχής (ITS) ανακτήθηκαν από πιστοποιημένα είδη (Cynodon aethiopicus , Cynodon dactylon, Cynodon incompletus, Cynodon nlemfuensis, Cynodon radiatus, και Cynodon transvaalensis ) του γένους Cynodon και προσδιορίστηκαν οι αλληλουχίες των περιοχών ITS1 και ITS2. Οι αλληλουχίες των περιοχών ITS1 και ITS2 είναι ένα από τα πιο αξιόπιστα εργαλεία για την μοριακή φυλογενετική ανάλυση των φυτών. Στη συνέχεια κατασκευάστηκε η προβλεπόμενη δευτεροταγής δομή των περιοχών ITS1 και ITS2 και εξετάστηκε εάν η προβλεπόμενη συναινετική δευτεροταγής δομή παρέχει πληροφορίες στη διαφοροποίηση φυτών του ιδίου είδους και μεταξύ διαφορετικών ειδών. Επίσης, με βάση την πρωτοταγή δομή των περιοχών ITS1 και ITS2, πραγματοποιήθηκε φυλογενετική ανάλυση φυτών του γένους Cynodon.

The genus Cynodon (family Poaceae) contains 9 species and 10 varieties, with C. dactylon(L.) Pers. (common bermudagrass) being the most widespread. In the present study, the ITS sequences from several species ( Cynodon aethiopicus , Cynodon dactylon,Cynodon incompletus, Cynodon nlemfuensis, , Cynodon radiatus, Cynodon transvaalensis ) of the genus Cynodon were retrieved from the Genebank and the ITS1 and ITS2 regions were extracted. The ITS1 and ITS2 regions are considered as the most reliable tools for molecular phylogenetic analysis of plant species. Τhe secondary structure ITS1 and ITS2 regions were predicted and used to explore their utility in addressing interspecies and intraspecies discriminations. Furthermore, we used the primary sequences of ITS1 and ITS2 to explore their contribution in the phylogenetic analysis of the genus Cynodon.