Ανίχνευση και ταυτοποίηση βακτηρίων που συμμετέχουν στην αλλοίωση των εδώδιμων φαιοφυκών Alaria esculenta και Saccharina latissima με τη χρήση μοριακών τεχνικών

Abstract

Τα εδώδιμα μακροφύκη αποτελούν ένα καινούργιο προϊόν διατροφής στην αγορά της Ευρώπης, παρόλο που αποτελεί βασικό τρόφιμο στις περιοχές της Ασίας. Η βιβλιογραφία που υπάρχει σε ό,τι αφορά τους μικροοργανισμούς που συμμετέχουν στην αλλοίωση αυτών των προϊόντων ή τους παθογόνους για τον άνθρωπο μικροοργανισμούς που ανευρίσκονται σε αυτά τα προϊόντα είναι περιορισμένη. Η παρούσα μελέτη χωρίστηκε σε δύο μέρη. Στο πρώτο μέρος, φρεσκοκατεψυγμένα δείγματα φαιοφυκών (Alaria esculenta και Saccharina latissima) που είχαν συλλεχθεί από πειραματική υδατοκαλλιέργεια που εδράζει στη Σκωτία, χρησιμοποιήθηκαν σε πείραμα αλλοίωσης σε διαφορετικές θερμοκρασίες (5, 15℃). Δείγματα ιστών από την έναρξη, μέση και τέλος των πειραμάτων αλλοίωσης συλλέχθηκαν με σκοπό την απομόνωση βακτηριακού DNA. Ταυτόχρονα, βακτηριακές αποικίες, που αναπτύχθηκαν σε γενικά και ειδικά μικροβιολογικά υποστρώματα, συλλέχθηκαν και απομονώθηκαν στα ίδια χρονικά σημεία με τα προαναφερθέντα. Τα δείγματα από τους ιστούς, αλλά και τα απομονωθέντα βακτήρια υπέστησαν την κατάλληλη διεργασία για την περαιτέρω μοριακή τους ανάλυση. Επιπλέον, σα δέυτερο μέρος της πειραματικής διαδικασίας, δείγματα φαιοφυκών (και για τα δύο είδη), που συλλέχθηκαν σε διαφορετικές χρονικές περιόδους, αναλύθηκαν με τις κλασικές μικροβιολογικές αναλύσεις και έγινε σύγκριση των μικροβιακών πλυθησμών τους τόσο μεταξύ τους, αλλά όσο και μεταξύ των περιόδων συγκομιδής τους. Από τα αποτελέσματα αυτά προέκυψε πως τους θερινούς μήνες το συνολικό μικροβιακό φορτίο των φαιοφυκών ήταν αυξημένο σε σχέση με τους χειμερινούς μήνες. Ακόμη, ενώ τα δείγματα φαιοφυκών που συλλέχθηκαν βρίσκονταν σε γειτνιάζοντες καλλιέργειες, η μικροβιακή τους χλωρίδα ήταν διαφορετική, εξαιτίας της χημικής τους σύστασης αλλά και της διαφορετικής τους δομής.

Edible macroalgae is a new food product on the European market, despite being a staple food in Asian regions. The literature which is available about the microorganisms involved in the spoilage of these products or the human pathogens found in these products is limited. This study was divided into two parts. The first part introduced fresh-frozen kelp samples (Alaria esculenta and Saccharina latissima) collected from an experimental aquaculture farm based in Scotland were used in a spoilage experiment at different temperatures (0.5, 10, 15℃). Tissue samples from the beginning, middle and end of the lesion experiments were collected for bacterial DNA isolation. Simultaneously, bacterial colonies, grown on general and specific microbiological substrates, were collected and isolated at the same time points as mentioned above. The samples from the tissues, but also the isolated bacteria underwent the appropriate process for their further molecular analysis. In addition, as a second part of the experimental procedure, seaweed samples (for both species), collected at different time periods, were analyzed with the classic microbiological analyses and a comparison of their microbial populations was made both among themselves and between harvest periods. From these results it emerged that in the summer months the total microbial load of the brown algae was increased compared to the winter months. Furthermore, while the seaweed samples collected were in neighboring cultures, their microbial flora was different, due to chemical composition and their different structure.