HEAL DSpace

DNA Barcoding και φυλογενετική ανάλυση ελασμοβράγχιων της Ανατολικής Μεσογείου μέσω μοριακών δεικτών

DSpace/Manakin Repository

Show simple item record

dc.contributor.advisor Χατζόπουλος, Πολυδεύκης
dc.contributor.author Καραχάλιου, Ελεάνα
dc.date.accessioned 2019-09-04T08:39:48Z
dc.date.available 2019-09-04T08:39:48Z
dc.date.issued 2019-09-04
dc.date.submitted 2019
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10329/6950
dc.description Η Βιβλιοθήκη δεν διαθέτει αντίτυπο της διατριβής σε έντυπη μορφή el
dc.description.abstract Οι μοριακές τεχνικές αποτελούν μέθοδο υψηλής σημασίας για την διαχείριση και προστασία των αλιευτικών πόρων, ιδιαίτερα για απειλούμενα είδη. Η λεκάνη της Μεσογείου, έγκλειστη από στεριά θάλασσα με ιδιαίτερα γεωλογικά και ωκεανογραφικά χαρακτηριστικά, ιστορικά αποτελούσε περιοχή με υψηλή πυκνότητα Eλασμοβράγχιων ιχθύων. Πλέον, 53-71% των Eλασμοβράγχιών της απειλούνται με εξαφάνιση λόγω ανθρωπογενών παραγόντων. Οι συνθήκες αυτές καθιστούν σημαντική την κατανόηση του κύκλου ζωής, μορφολογικών χαρακτηριστικών, εξελικτικών σχέσεων, ταξινομικής και πληθυσμιακής δομής τους. Η διατριβή αυτή στοχεύει στην παραγωγή δεδομένων στα πλαίσια της ευρείας προσπάθειας για την διαχείριση και προστασία των Eλασμοβράγχιων ιχθύων της Ανατολικής Μεσογείου, περιοχής για την οποία υπάρχει έλλειψη πληροφοριών γενετικής φύσεως. Το μιτοχονδριακό γονίδιο COI (cytochrome oxidase subunit I), μοριακός δείκτης ο οποίος αξιοποιείται ευρέως στην μέσω DNA Barcoding ταυτοποίηση είδους, χρησιμοποιήθηκε ώστε να συγκριθούν οι αλληλουχίες 23 δειγμάτων Ελασμοβράγχιων ιχθύων, ήδη αντιστοιχημένων σε είδος μέσω μορφολογικών μετρήσεων, με αλληλουχίες της βάσης δεδομένων GenBank μέσω BLAST. Στη συνέχεια επιλέχτηκαν οι αλληλουχίες με το υψηλότερης ποιότητας διάβασμα, και για τμήμα μεγέθους αλληλουχίας 570bp πραγματοποιήθηκε φυλογενετική ανάλυση με τις μεθόδους Maximum Likelihood και Bayesian Analysis. Στις περισσότερες των περιπτώσεων τα μοριακά δεδομένα επαλήθευσαν τις μορφολογικές μετρήσεις. Παρατηρήθηκε ταξινομική ασάφεια μεταξύ των ειδών H. nakamurai και H. griseus, γεγονός το οποίο τονίζει την ανάγκη για περαιτέρω έρευνα στα είδη βαθέων υδάτων του γένους Hexancus. Η φυλογενετική ανάλυση δεν απέδωσε με επιτυχία τις μεταξύ ειδών εξελικτικές σχέσεις. Συμπεραίνεται ότι το τμήμα αλληλουχίας του γονιδίου COI που αξιοποιήθηκε σε αυτή την εργασία δεν αποτελεί επαρκές μέγεθος για φυλογενετική ανάλυση. el
dc.description.abstract Molecular techniques consist an important method for fisheries management and conservation, especially regarding vulnerable species. The Mediterranean basin, a landlocked sea of unique geological and oceanographic characteristics, was historically an area of high Elasmobranch abundance. In modern times 53-71% of resident Elasmobranchs are threatened with extinction due to human activity. These circumstances call for further understanding of their life cycle, morphological characteristics, evolutionary relationships, taxonomy and population structure. This thesis aims to produce data as part of the larger-scale attempt for conservation and management of Eastern Mediterranean Elasmobranch species, as currently there is limited genetic data for the area. The mitochondrial COI gene (cytochrome oxidase subunit I), a molecular marker widely used for species identification via DNA Barcoding, was utilized so as to compare the sequences of 23 Elasmobranch samples, already identified to species level by morphological measurements, with sequences from the GenBank database via BLAST. The sequences with the highest quality read were selected and a 570bp sequence segment was used for phylogenetic analysis via the Maximum Likelihood and Bayesian methods. In most cases molecular data confirmed morphological measurements. Taxonomic ambiguity was observed between the species H. nakamurai and H. griseus, emphasizing the need for further research in deep-sea species of the genus Hexancus. Phylogenetic analysis failed to correctly discern between-species evolutionary relationships. In conclusion, the COI gene sequence segment used in this study is of insufficient size for phylogenetic analysis. el
dc.language.iso el el
dc.subject Elasmobranchii el
dc.subject COI el
dc.subject mtDNA el
dc.subject DNA Barcoding el
dc.subject Φυλογενετική el
dc.subject Phylogenetics el
dc.subject Cytochrome oxidase subunit I el
dc.subject.lcsh lc el
dc.title DNA Barcoding και φυλογενετική ανάλυση ελασμοβράγχιων της Ανατολικής Μεσογείου μέσω μοριακών δεικτών el
dc.title.alternative DNA Barcoding and phylogenetics of elasmobranch species in the Eastern Mediterranean el
dc.type Μεταπτυχιακή εργασία el
dc.contributor.department ΓΠΑ Τμήμα Βιοτεχνολογίας el
dc.description.degree Βιολογία Συστημάτων el


Files in this item

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search DSpace


Advanced Search

Browse

My Account