Computational study of interaction networks between coding and non-coding RNA molecules in claudin-low breast cancer subtype

Abstract

Currently, Breast Cancer is considered the most frequently diagnosed life-threatening cancer in women. Although breast cancer is a term used to describe malignancies that develop from breast tissue, it is actually a highly heterogeneous group of diseases with variable biological and clinical behaviors. Claudin-low breast cancer is a molecular subtype of breast cancer initially discovered by gene expression profiling and is allegedly associated with a poor prognosis. Albeit claudin-low tumors have been observed in a number of large-scale studies, little is known about the biology of claudin-low cancers. In the present study, we develop a novel computational framework to diagnose crucial genes in tumorigenesis of claudin-low breast cancer subtype.

Επί του παρόντος, ο καρκίνος του μαστού θεωρείται ο πιο συχνά διαγνωσμένος, απειλητικός για τη ζωή καρκίνος στις γυναίκες. Αν και ο καρκίνος του μαστού είναι ένας όρος που χρησιμοποιείται γενικά για να περιγράψει κακοήθειες που αναπτύσσονται στο στήθος, στην πραγματικότητα πρόκειται για μια εξαιρετικά ετερογενή ομάδα ασθενειών με ποικίλες βιολογικές και κλινικές συμπεριφορές. Ο claudin-low καρκίνος του μαστού είναι ένας μοριακός υποτύπος του καρκίνου του μαστού που ανακαλύφθηκε μέσα από την ανάλυση προφίλ γονιδιακής έκφρασης και φέρεται να σχετίζεται με κακή πρόγνωση. Παρόλο που σε διάφορες μελέτες μεγάλης κλίμακας έχουν παρατηρηθεί claudin-low όγκοι, ελάχιστα είναι γνωστά για τη βιολογία των καρκίνων αυτών. Στην παρούσα μελέτη, αναπτύσσουμε ένα νέο υπολογιστικό πλαίσιο για τη διάγνωση κρίσιμων γονιδίων στην ογκογένεση του claudin-low υποτύπου του καρκίνου του μαστού.