Η Κεφαλονιά έχει την πιο πλούσια χλωρίδα από τα υπόλοιπα νησιά του Ιονίου. Συνολικά έχουν καταγραφεί 1438 φυτικά taxa, από τα οποία τα 154 είναι Βαλκανικά είδη και 57 Ελληνικά ενδημικά. Από τα Ελληνικά ενδημικά 5 είναι ενδημικά taxa της Κεφαλονιάς, 1 taxon είναι ενδημικό της Κεφαλονιάς και της Ιθάκης και 9 taxa ενδημικά των Ιονίων Νήσων. Με την παρούσα διατριβή γίνεται προσπάθεια διερεύνησης των ενδιαιτημάτων δεκατριών σπάνιων και απειλούμενων ειδών χλωρίδας της Κεφαλονιάς-Ιθάκης. Για την ερευνά πραγματοποιήθηκαν δειγματοληψίες σε Κεφαλονιά και Ιθάκη κατά τους μήνες Μάιο με Οκτώβριο του 2023. Στη συνέχεια έγινε στατιστική επεξεργασία των αποτελεσμάτων και ψηφιακή χαρτογράφηση των θέσεων εμφάνισης των taxa σε Κεφαλονιά-Ιθάκη με την χρήση Γεωγραφικών Συστημάτων Πληροφοριών (GIS). Από την επεξεργασία των αποτελεσμάτων προέκυψε ότι τα είδη Stachys ionica και Cerastium Illyricum subsp. Illyricum εμφανίζουν τη λιγότερη πίεση καθώς ο πληθυσμός τους ανέρχεται σε πάνω από 5000 άτομα. Τα είδη Limonium sp. και το Pancratium maritimum εμφανίζουν μεγάλη ανθρωπογενής πίεση λόγω του ότι φύονται σε παραθαλάσσιες θέσεις. Ο πληθυσμός των ενδημικών ειδών, που φύονται στον Αίνο όπως της Scutellaria rupestris subsp. cephalonica Saponaria aenesia, Ajuga orientalis subsp. aenesia και Viola cephalonica είναι μικρός και κυμαίνεται από 100 έως 1350 άτομα, φύονται σε βραχώδεις θέσεις και δέχονται επιδράσεις από τη βόσκηση και τις ανθρώπινες υποδομές. Το σπάνιο είδος Ophrys mavromata απαντάται σε μία θέση στην Πύλαρο και καταγράφηκαν μόλις 92 άτομα ενώ και το Thymus holosericeus απαντάται στο Αίνο σε μεγαλύτερους πληθυσμός. Τα είδη αυτά κινδυνεύουν από την ανθρώπινη δραστηριότητα καθώς φύονται σε πρανή δρόμων. Τέλος, παρατηρήθηκε ότι σχεδόν στο σύνολο των ενδημικών και απειλουμένων taxa που επιλέχθηκαν, δεν αντέχουν τον ανταγωνισμό και γι’ αυτό σχηματίζουν μονοειδικές φυτοκοινότητες σε ακραίες συνθήκες ή φυτοκοινότητες με λίγα είδη και πολύ αραιή βλάστηση.
Kefalonia has the richest flora of the Ionian islands. A total of 1438 plant taxa have been recorded, of which 154 are Balkan species and 57 are Greek endemic. Of the Greek endemics, 5 are endemic taxa of Kefalonia, 1 taxon is endemic to Kefalonia and Ithaca and 9 taxa are endemic to the Ionian Islands. The present thesis is an attempt to investigate the habitats of thirteen rare and endangered flora species of Kefalonia-Ithaca. For the survey, sampling plots were taken in Kefalonia and Ithaca during the months of May to October 2023. Subsequently, statistical processing of the results and digital mapping of the taxa occurrence locations in Kefalonia-Ithaca was carried out using Geographic Information Systems (GIS). The results showed that Stachys ionica and Cerastium Illyricum subsp. Illyricum show the least pressure as their population is more than 5000 individuals. Limonium sp. and Pancratium maritimum species show high anthropogenic pressure due to the fact that they grow in coastal locations. The population of endemic species growing in Aenos such as Scutellaria rupestris subsp. cephalonica Saponaria aenesia, Ajuga orientalis subsp. aenesia and Viola cephalonica is small, ranging from 100 to 1350 individuals, growing in rocky sites and subject to impacts from grazing and human infrastructure. The rare species Ophrys mavromata is found in one site in area of Pylaro and only 92 individuals were recorded, while Thymus holosericeus is also found in Aenos mountain in larger populations. These species are threatened by human activity as they grow on roadsides. Finally, it was observed that almost all of the studied endemic and threatened taxa cannot withstand competition and therefore form monospecific plant communities in extreme conditions or plant communities with few species and very sparse vegetation.